Studentų sąjunga veikia skėtiniu principu, kurį sudaro: Centrinis biuras, Fakulteto ir Instituto studentų savivaldos.
- KUSS Centrinis biuras – šiuo metu įsikūręs 403a. Jūros technologijų ir gamtos mokslų fakultete, KU miestelyje, Herkaus Manto g. 84. Čia užsiimama platesniu KU ir KUSS problemų sprendimu – nuolat bendradarbiaujama su Universiteto administracija, KU studentai atstovaujami Klaipėdos miesto bei visos Lietuvos lygmeniu. Taip pat tvarkomi LSP reikalai, bendradarbiaujama su socialiniais partneriais. Centrinį biurą formuoja per KUSS Konferencija išrinktas KUSS Prezidentas.
- Kiekviename fakultete/institute yra autonomiškai veikianti fakulteto/instituto studentų atstovybė (FSA/FSS). Čia sprendžiamos konkretaus fakulteto studentų problemos, suteikiama aktuali informacija, organizuojami fakulteto renginiai. FSA/FSS veiklai vadovauja FSA/FSS Pirmininkas ir Vicepirmininkas, kurie išrenkami Visuotinio seniūnų susirinkimo metu.