Studentų sąjunga veikia skėtiniu principu, kurį sudaro: Centrinis biuras, Fakultetinės studentų atstovybės.
- KUSS Centrinis biuras – šiuo metu įsikūręs 403a. Jūros technologijų ir gamtos mokslų fakultete, KU miestelyje, Herkaus Manto g. 84. Čia užsiimama platesniu KU ir KUSS problemų sprendimu – nuolat bendradarbiaujama su Universiteto administracija, KU studentai atstovaujami Klaipėdos miesto bei visos Lietuvos lygmeniu. Taip pat tvarkomi LSP reikalai, bendradarbiaujama su socialiniais partneriais. Centrinį biurą formuoja per KUSS Konferencija išrinktas KUSS Prezidentas.
- Kiekviename fakultete yra autonomiškai veikianti fakulteto studentų atstovybė (FSA). Čia sprendžiamos konkretaus fakulteto studentų problemos, suteikiama aktuali informacija, organizuojami fakulteto renginiai. FSA veiklai vadovauja FSA Pirmininkas ir Vicepirmininkas, kurie išrenkami Visuotinio seniūnų susirinkimo metu.